Tobi Langel um programador da equipa prototype criou um script em que avisa que partes do teu código terás de fazer update para a tua aplicação continuar a funcionar na perfeição na nova versão do Prototype.

Para poderes usar este script terás que ter firebug e firefox, de resto é simples basta adicionar na header a path do novo prototype e adicionar a path do script deprecation.js.

De resto é só desenvolver a tua aplicação como normal e sempre que utilizares um comando que foi substituído pela a nova versão do prototype uma linha de comando ira aparecer no firebug a avisar-te.